第一学年 基础课程一般教养课程的学习
第二学年 基础医学课程的学习
第三学年 基础医学课程的学习 社会医学课程的学习
第四学年 社会医学课程的学习 临床医学课程的学习
以东京大学医学系本科课程为例，其分为授课课程和实习两个部分。临床医学系的系统授课是，比如发病原理的基本知识、诊断和诊疗的原则等开始教与授。在第四学年开始，首先展开内科和外科的系统授课，第四学年的后半学期开始其他各科系的系统讲义陆续展开。第四学年的终了之际，参加全国性质的统一考试，由日本厚生省组织的。统一考试是电脑作答，多选题(CBT)。还有一个测试是 客观临床技能考试（OSCE），以模式患者的形式考察考生在面对病人和身体诊察的临床应对技能。如果这项考试合格，身为医学部的学生才可以进入临床实习，获得实习医生的称号。进入到医学部第五学年，临床实习正式开始，6到7人组成一个小组，1到3周的时间，各科室中实习。在医院大厅里等待入院患者、诊察后进行诊断；甚至成为手术诊疗团队的医院体验手术。东京大学医学部本科生大多在东大病院参加实习，这里无疑是最好的实习单位。实习医生利用第五学年和第六学年2年24个月的时间参与实习，也可以自由选择实习期，甚至可以选择海外医院实习。通过接触患者，了解发病经过，观察治疗效果从而获得宝贵的经验临床实习是医学教育最为看重的环节，通过这样的实习不仅仅可以强化对各种疾病的知识，还有最为重要的是真正了解作为一名合格医生应有的行医态度和掌握必须技能。
第五学年开始除了临床实习的正式开始，很多大学提供了从这一年开始的「MD-PHD研究医养成コース」以东北大学医学科为例，该课程招收5年级生或4年级课程修了者，他们需要先休学也就是办理医学本科课程的休学，进入东北大学医学研究科博士课程，经历3年以上的教育和研究指导后可以确定博士课程。之后再恢复本科剩余年限的医学部教育（当然剩下的课程多以临床实习为主），也可以选择继续医学研究的道路。当然过程中如果没有参加全国医师资格考试，是不能行医的。这也就解释了为什么是研究医养成コース了。只有以上各个方面都充分掌握后，才能毕业。从医学部6年本科毕业只能说具备了成为医生的最低资格。在履修完所有课程和实习后，需要参加国家医师资格考试。只有考试合格者才能领到医师执照，才可以行医。这就解答了很多中国医学本科专业学生一心想去日本继续从事临床医学甚至立志在日本挣得上手术台的机会却很难实现的问题了。
如果是有意向上手术台的同学，一定首先是要有日本医师资格证的人，无论你是中国人还是日本人。这是最基本的要求，而要考出医师资格证通过上述文章这应该不是一个简单的过程。
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